El Programa de Estadística de la Universidad Santo Tomás fue creado originalmente por el Acuerdo N° 19 del 31 de Agosto de 2005, norma interna del Consejo Superior de la institución y obtuvo registro calificado por el término de siete (7) años, de acuerdo a lo manifestado en la resolución 630 del 15 de Febrero del año 2006 por parte del Ministerio de Educación Nacional, en los siguientes términos:

Bajo la Administración Rectoral del Padre José Antonio Balaguera Cepeda O.P y adscrito a la División de Ciencias Económicas, Administrativas y Contables a cargo del Padre José Arturo Restrepo Restrepo O.P, como Decano de División, el programa abre sus puertas con la matrícula de 27 estudiantes en el primer semestre del 2007. El plan de estudios de la Facultad ha tenido desde su creación dos reformas,  en cada una de estas se ha mantenido  tanto la duración del programa  en 8 semestres como el número total de créditos en 138.
En 2013 se obtuvo la primera renovación del registro calificado - Resolución No. 742/2013 y en la actualidad se encuentra en proceso de acreditación de alta calidad.